حدد القانون رقم 12 لسنة 2020 بشأن الزراعة العضوية، اختصاصات الهيئة والإدارة العامة للزراعة العضوية، ونص علي أنهما السلطتين المختصتين بالرقابة والإشراف على جميع الوحدات التي تقوم بتطبيق معايير الإنتاج العضوي في الدولة، حيث تختص الهيئة بالإنتاج الغذائي العضوي في مرحلة ما بعد الحصاد وتختص الإدارة بالإنتاج العضوي الأولى حتى الحصاد، ويختصان دون غيرهما بما يأتي:

 -وضع معايير ومواصفات المدخلات، والمنتجات العضوية أو الحيوية.

– وضع ضوابط وإجراءات فحص وتحليل المدخلات والمنتجات العضوية وتقدير مدى صلاحيتها، ووضع علامات الجودة عليها.

 -تقديم المساعدات الإرشادية الفنية والعلمية والعملية فى مجالات الزراعة العضوية.

– تحديد شروط الملصقات والشعارات والبطاقات الخاصة بالمدخلات والمنتجات العضوية أو الحيوية المتداولة محليًا.

 -وضع شروط استيراد وتصدير المدخلات، والمنتجات العضوية أو الحيوية.