تنشأ لجنة مركزية بهيئة الاعتماد والرقابة تختص بتسوية المنازعات التي تنشأ بسبب تطبيق أحكام قانون التأمين الصحى الشامل، ولا يجوز اللجوء إلى القضاء قبل العرض على هذه اللجنة، على أن يتم البت فيه خلال مدة لا تجاوز ثلاثة أشهر.

ووفقا للقانون تحدد اللائحة التنفيذية للقانون ضوابط وإجراءات عمل هذه اللجنة، ولهيئة الاعتماد والرقابة الحق في تقاضى مقابل عن إصدار شهادات الاعتماد والتسجيل والخدمات التي تقدمها للغير وفقًا لأحكام هذا القانون، ويحدد مجلس الإدارة قيمة هذا المقابل مراعيًا في ذلك نوع الخدمة المؤداة.

ومع مراعاة أحكام قانون تنظيم المنشآت الطبية، تلتزم المنشآت ومقدمو الخدمات الصحية العامة والخاصة بالحصول على شهادة الاعتماد بأي من مستوياته المختلفة التي تحددها هيئة الاعتماد والرقابة، وذلك خلال ثلاث سنوات من تاريخ دخول المحافظة الواقعة بها المنشأة في نطاق تطبيق أحكام هذا القانون.

وإذا لم تلتزم المنشأة بذلك تقوم هيئة الاعتماد والرقابة بإخطار الجهات المعنية لاتخاذ الإجراءات اللازمة طبقًا للقوانين واللوائح المنظمة للعمل بها، وتتم عمليات التقييم والاعتماد بموضوعية وشفافية، ويحظر على كل من شارك في أعمال التقييم أو الاعتماد تقديم استشارات أو دورات تدريبية للمنشأة محل التقييم أو أن يكون عضوًا في مجلس إدارتها أو الإفصاح عن البيانات والمعلومات المتعلقة بأعمال التقييم أو النتيجة النهائية للتقييم قبل صدور قرار هيئة الاعتماد والرقابة، ومع مراعاة حكم المادة 33 لا يجوز تعديل نتائج التقييم والاعتماد التي ينتهي إليها قرار هيئة الاعتماد والرقابة.